2017年8月2日 集団遺伝学実習

集団遺伝学では変異が誕生し、伝達され、生物集団内に広まる過程を定量的に理解し、進化メカニズムや集団の歴史を解明します。伝統的には確率理論を用いて数学的に表現されることが多かったのですが、近年は計算機の性能の向上によりシミュレーションを用いた解析も盛んに用いられるようになりました。

集団遺伝学実習では簡単なシミューションを行うことで、集団遺伝学的プロセスの理解を助けることを目的とします。基本的な概念の一つである遺伝的浮動に注目し、変異が伝達される過程をコンピュータ上で再現します。慣れている方には変異が集団中に広まる確率、いわゆる固定確率も計算してもらう予定です

プログラミング言語としてはpython3を想定しています。参加者は事前にこちらのサイトからご利用のOS向けのpython開発環境をインストールしておいてください。

python+jupyter超入門

simulation 1 (drift)

simulation 2 (fixation probability)